Au début de sa carrière, il a œuvré au sein du secteur parapublic à des fonctions élevées et stratégiques dans la gestion des ressources humaines et des relations du travail. Par la suite, à compter de 1981, il a travaillé dans le secteur privé pour des entreprises d'envergure nationale et internationale : Quebecor, Rona, Provigo. Il y avait la responsabilité des ressources humaines, des communications et des affaires publiques et il a fait partie de leurs comités de direction.

Monsieur Duchaine est administrateur de l'Ordre des conseillers en ressources humaines et en relations industrielles agréés du Québec dont il a reçu le Mérite Annuel 1996 pour l'ensemble de sa carrière en gestion des ressources humaines. Il est chargé de cours pour HÉC Montréal, dans le cadre du programme de MBA pour cadres en exercice depuis l'automne 2002.

Depuis le début de 2001, Jean-Guy Duchaine agit comme consultant et il dirige le Cabinet-conseil JG Duchaine dont la mission est d'offrir aux sociétés privées et publiques des services visant à assurer la pleine efficacité de l'ensemble des activités reliées à la gestion de leurs ressources humaines.